Project

Proteinstrukturforudsigelse

Publisher

Supervisor

Location

Greater Copenhagen area

Projektet går ud på at optimere en energifunktion til at være bedst mulig til at adskille korrektfoldede proteinstrukturer fra forkert foldede strukturer.

Proteiner er lange kædemolekyler som folder op til komplicerede og flotte strukturer før de varetager de fleste funktioner i alle levende organismer. Det nok største åbne beregningsproblem i strukturel biologi er at forudsige hvordan et protein folder givet at man kender dets aminosyre sekvens - for det er overvejende proteinets 3d-struktur som bestemmer dets biologiske funktion. Forudsigelse af proteiners 3d-struktur deles ofte op i 2 trin. Første trin går ud på for en given aminosyre sekvens at genererer en masse modeller for hvordan det kunne være foldet. Andet trin er at lave en energifunktion eller anden scoreingsfunktion som kan finde den bedste model. Dvs. man ønsker at det korrekt foldede protein skal ligge i et energiminimum. Projektet omhandler kun anden del og går ud på for hvert par af aminosyrer at lave et såkaldt par-potentiale som modelleres frit som en spline-funktion. Herefter optimeres disse par-potentialer til at en masse forskelligt foldede proteiner hver ligger i sit energi minimum. Projektet starter med en indføring i spline-funktioner og programmeres i MatLab. Projektet er passende for en gruppe på 2-3 personer.

Search in postings
Contact

Company / Organization

DTU Compute

Name

Peter Røgen

Position

Lektor

Mail

prog@dtu.dk

Supervisor info

BSc in Mathematics and Technology

Supervisor

Peter Røgen

ECTS credits

10 - 30

Type

BSc project, Course project, MSc thesis, Special course

MSc in Mathematical Modelling and Computation

Supervisor

Peter Røgen

ECTS credits

10 - 30

Type

BSc project, Course project, MSc thesis, Special course

Technical University of Denmark

For almost two centuries DTU, Technical University of Denmark, has been dedicated to fulfilling the vision of H.C. Ørsted – the father of electromagnetism – who founded the university in 1829 to develop and create value using the natural sciences and the technical sciences to benefit society.


Today, DTU is ranked as one of the foremost technical universities in Europe, continues to set new records in the number of publications, and persistently increases and develops our partnerships with industry, and assignments accomplished by DTU’s public sector consultancy.

Find us here

Anker Engelunds Vej 1
Bygning 101A
2800 Kgs. Lyngby

Denmark



Tlf. (+45) 45 25 25 25

CVR-nr. 30 06 09 46

All vacant positions
 

loading..